Chẩn đoán dựa trên sự phát hiện ra trứng hoặc giun kim trưởng thành.[18] Không thể thấy trứng bằng mắt thường, nhưng chúng có thể được thấy dưới một kính hiển vi có độ phóng đại thấp.[20] Mặt khác, giun kim trưởng thành giống như sợi chỉ màu vàng nhạt có thể phát hiện rõ ràng, thường là vào ban đêm khi chúng di chuyển gần hậu môn hoặc trên giấy vệ sinh.[8][13][20] Băng keo trong có thể được dán ở vùng hậu môn để lấy trứng, và chẩn đoán có thể được thực hiện bằng cách kiểm tra đoạn băng dính dưới kính hiển vi.[15][20] Kiểm tra này cho kết quả chính xác nhất nếu nó được thực hiện vào mỗi buối sáng trong vài ngày, bởi vì con cái không đẻ trứng hằng ngày, và số lượng trứng cũng khác nhau.[20]

Giun kim không đẻ trứng vào phân,[20] nhưng đôi khi lại đẻ trong ruột.[18] Do đó, kiểm tra phân hằng ngày chỉ cho kết quả dương tính với chỉ 5 đến 15% số đối tượng nhiễm bệnh,[13] và do đó nó ít được dùng trong thực tế để chẩn đoán.[9] Trong trường hợp nhiễm giun nặng, giun cái có thể bám vào phân để ra ngoài, do đó chúng có thể được thấy trên mặt của phân.[13][18] Các giun trưởng thành đôi khi được nhìn thấy khi nội soi đại tràng.[13]